Kelurahan Peneleh berada di posisi yang strategis secara geografis di Surabaya. Setidaknya hingga tahun 1937, posisinya membentuk delta dari percabangan Kali Mas dari hulu: Sungai Pegirikan di sisi barat Peneleh dan Kali Mas di sisi timur Peneleh. Dua sungai tersebut dapat dilalui perahu. Namun, pada tahun 1937 Sungai Pegirikan ukurannya dikecilkan hingga membentuk selokan selebar 5 meter.

Kelurahan Peneleh ini sebenarnya kumpulan dari belasan nama perkampungan kuno masa kolonial sebelum dilebur menjadi satu wilayah administratif kelurahan. Perkampungan kuno itu antara lain Kampung Peneleh, Kampung Plampitan, Kampung Pandean, Kampung Lawang Seketeng, Kampung Jagalan, Kampung Grogol, Kampung Grogol Kauman, Kampung Klimbungan, Kampung Undaan Peneleh, dan Kampung Polak Wonorejo.  Saat ini setiap kampung tersebut menjadi RW.